柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。

吸血鬼猎人D是吸血鬼王和人类女子生的后代，他身手敏捷，是响当当的吸血鬼猎人。这次，埃尔邦家族的千金夏洛特被吸血鬼掳了去，庄园主请来了D和吸血鬼猎人马克思兄妹前往营救。途中，D和马克思兄妹因为争夺酬金而互相较量，弄得不欢而散。随后，D受到了贵族三杰的袭击，紧要关头D突然发病，危在旦夕之际马克思兄妹中的蕾拉救了D，他们相互约定日后谁先死对方就要前往其墓前献花。