社会在“前所未有的大灾难”的冲击下持续动荡不安。住在东京的青年浅野铃四郎有一个难以启齿的秘密，就是他可以暂停时间的流逝，拥有停止时间的力量。直到有一天，浅野铃四郎遇到了拥有同样超能力的少女桥本荠，并在得知桥本荠的能力被利用于犯罪行为后，冲动地帮助了身陷囹圄的她……

2013年10～12月にテレビアニメが放送された京都アニメーション制作「境界の彼方」の劇場版2部作の後編。テレビ版総集編にあたる前編「過去篇」から1年後を舞台に、ヒロインの栗山未来らに起こる新たな出来事を描いた完全新作の劇場版。戦いが終わり、これまらまた普通の日々が始まると思っていた秋人と未来だったが、未来の記憶が失われてしまう。新学期を迎えても未来の記憶は戻らず、高校3年生に進級した秋人は未来の幸せを願い、彼女を避けるように生活していたが……。